MODAPLEX Copy Number High Analysis Kit

Features

• Detektion von Kopienzahlvariationen anhand von 6 Referenz- und 8 Zielregionen, welche die TCGA-Klassifizierung ermöglichen
• Schnelle Ergebnisse – 4 Stunden von der DNA bis zum Ergebnis
• Entwickelt und getestet auf gDNA aus 100 FFPE-Proben von Endometriumkarzinomen
• Profitieren Sie von integrierten umfassenden Kontrollstrategie welche ein hohes Maß an Genauigkeit gewährleistet

Das MODAPLEX Copy Number High Analysis Kit (RUO) ist ein Multiplex-Fluoreszenz-PCR-Assay zum Nachweis von Chromosomenaberrationen in den chromosomalen Lokalisationen 17p12 und 19p13.3 in DNA-Proben von humanem Endometriumkarzinom (EC). Kopienzahlvariationen (CNVs) innerhalb dieser Regionen sind Biomarker für den molekularen Subtyp des Endometriumkarzinoms mit hoher Kopienzahl (CNH, oder p53 abnormal).

Biomarker

Zielregionen

Chromosom 19:

19pT1 (Zytoband 19p13.3)

19pT2 (Zytoband 19p13.3)

19pT3 (Zytoband 19p13.3)

19pT4 (Zytoband 19p13.3)

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Chromosom 17:

17pT1 (Zytoband 17p12)

17pT2 (Zytoband 17p12)

17pT3 (Zytoband 17p12)

17pT4 (Zytoband 17p12)

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Referenzregionen

1pRef1 (Zytoband 1p31.3)

1pRef2 (Zytoband 1p31.3)

2pRef1 (Zytoband 2q35)

2pRef2 (Zytoband 2q35)

12pRef1 (Zytoband 12q24.31)

12pRef2 (Zytoband 12q24.31)

Wissenschaftlicher Hintergrund

Eine integrierte genomische Charakterisierung des Endometriumkarzinoms (EC) wurde vom Cancer Genome Atlas Research Network (TCGA) durchgeführt, das vier verschiedene molekulare Untergruppen identifizierte [1]:

• MSI (Mikrosatelliten Instabilität)
• POLE mutiert (ultramutiert)
• copy number low (or NSMP – kein spezifisches molekulares Profil)
• copy number high (CNH)

Die molekulare Stratifizierung des Endometriumkarzinoms ist von prognostischem Wert, da sie die Einteilung der einzelnen Tumoren in niedriges, mittleres und hohes Risiko ermöglicht. Daher wird die Subtypisierung aller pathologischen Endometriumkarzinom-Proben, unabhängig vom histologischen Typ, inzwischen von mehreren Leitlinien empfohlen, darunter von der ESMO, der European Society of Gynecological Oncology (ESGO) und der European Society of Pathology (ESP) [2, 3].

Endometriumkarzinome der Gruppe copy number high sind durch eine Anhäufung großer chromosomaler Aberrationen wie Deletionen oder Amplifikationen (Kopienzahlvariationen) gekennzeichnet. Darüber hinaus treten in dieser Untergruppe häufig TP53-Mutationen auf. Daher wurde die Immunhistochemie-Färbung (IHC) von p53 als Surrogatmarker für diese Gruppe von zwei Forschungsgruppen 2015/2016 etabliert und im Proactive Molecular Risk Classifier for Endometrial Cancer (ProMisE) umgesetzt [4, 5]. Die p53-IHC ist jedoch bekanntermaßen technisch anspruchsvoll und die Interpretation der Färbung kann von Diagnosezentrum zu Diagnosezentrum variieren.

Das MODAPLEX Copy Number High Analysis Kit ermöglicht die Identifizierung des CNH-Subtyps bei Endometriumkarzinomen mit einer Genauigkeit, die mit NGS vergleichbar ist. Dies wird durch die semi-quantitativen Erfassung der Anzahl von Allelen in chromosomalen Regionen erreicht, die in CNH-Endometriumkarzinomen als hoch instabil identifiziert wurden. Diese Regionen, die sich auf den Chromosomen 17 und 19 (17p12 und 19p13.3) befinden, wurden durch eine umfassende Analyse von Next-Gen-Sequenzierungsdaten von Endometriumkarzinomen identifiziert. Darüber hinaus wurden mehrere chromosomal stabile Regionen identifiziert (1p31.3, 2q35, 12q24.31). Dies ermöglicht zusammen die semi-quantitative Erfassung der Kopienzahlen der Chromosomen 17 und 19 CNH-assoziierten Zielorte. Darüber hinaus werden mehrere Ziele innerhalb der Ziel- und Referenzorte amplifiziert, was eine hohe Genauigkeit und Robustheit des Produkts gewährleistet.

1. Kandoth, C. et al. Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma. Nature 497, 67–73; 10.1038/nature12113 (2013).
2. Oaknin, A. et al. Endometrial cancer. ESMO Clinical Practice Guideline for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol 33, 860–877; 10.1016/j.annonc.2022.05.009 (2022).
3. Concin, N. et al. ESGO/ESTRO/ESP guidelines for the management of patients with endometrial carcinoma. Int J Gynecol Cancer 31, 12–39; 10.1136/ijgc-2020-002230 (2021).
4. Talhouk, A. et al. A clinically applicable molecular-based classification for endometrial cancers. Br J Cancer 113, 299–310; 10.1038/bjc.2015.190 (2015).
5. Stelloo, E. et al. Improved Risk Assessment by Integrating Molecular and Clinicopathological Factors in Early-stage Endometrial Cancer-Combined Analysis of the PORTEC Cohorts. Clin Cancer Res 22, 4215–4224; 10.1158/1078-0432.CCR-15-2878 (2016).